Antybiotyki są przepisywane przez lekarzy weterynarii przy infekcjach bakteryjnych, których nie można skutecznie leczyć w inny sposób. Ma to jednak pewne konsekwencje, takie jak niepożądane efekty uboczne oraz antybiotykooporność przy dłuższym stosowaniu.
Niezależnie od przyczyny podania, antybiotyki mogą potencjalnie zmieniać skład mikrobiomu jelitowego, co skutkuje pojawieniem się biegunki. Z kolei każdy koń z biegunką, niezależnie od jej przyczyny, jest narażony na sepsę i ochwat.
Niekiedy nie udaje się całkowicie uniknąć stosowania antybiotyków, trzeba jednak przy tym chronić mikroflorę jelitową – zapewnić koniowi dietę bogatą w pasze objętościowe oraz podawać preparaty buforujące, które pozwolą utrzymać na jednakowym, bezpiecznym poziomie kwasowość treści jelita ślepego. Koń powinien mieć dostęp do dobrej paszy objętościowej. Różne rodzaje takich pasz, jak siano łąkowe, siano z lucerny, wysłodki buraczane lub łuska sojowa zapewnią odpowiednie warunki dla pożytecznych bakterii tworzących florę jelitową. Warto dodatkowo stosować poprawiające stan przewodu pokarmowego preparaty prebiotyczno—błonnikowe, takie jak Mervue Gastrofen.
